അങ്ങനെ ഇപി ജയരാജന് പുറത്തായി. മുന്നണിയെ ഏകോപിപ്പിക്കുന്നതില് സഖാവിന് പരിമിതിയുണ്ടായെന്ന ന്യായം പറഞ്ഞാണ് ജയരാജനെ കണ്വീനര് സ്ഥാനത്ത് നിന്നും നീക്കിയത്. എന്നാല് സിപിഎം അടുത്ത കാലത്ത് ഉണ്ടാക്കിയെടുത്ത ബിജെപി-ആര്എസ്എസ് അന്തര്ധാരയുടെ ആദ്യത്തെ ഇരയായി മാറിയിരിക്കുകയാണ് ജയരാജന്. പിണറായി വിജയന് മുഖ്യമന്ത്രിയായ ശേഷമാണ് ബിജെപിയുമായുള്ള സിപിഎമ്മിന്റെ രാഷ്ട്രീയ അഡ്ജസ്റ്റ്മെന്റ് ഒന്നൊന്നായി പുറത്തുവരാന് തുടങ്ങിയത്. ആര്എസ്എസ് ബന്ധമുള്ള മിസ്റ്റര് എമ്മുമായി സിപിഎം നേതാക്കള് നടത്തിയ ചര്ച്ചയും ഇതിന്റെ ഭാഗമായിരുന്നു. ലാവ്ലിന് കേസ് ഇല്ലാതാക്കുക, താല്കാലികമായി കേരള ഭരണം നിലനിര്ത്തുക തുടങ്ങിയ സങ്കുചിതമായ അധികാര അജണ്ട മാത്രമായിരുന്നു പിണറായി നേതൃത്വം നല്കുന്ന സിപിഎം ഫ്രാക്ഷന് ലക്ഷ്യമാക്കിയിരുന്നത്. സിപിഎമ്മിന്റെ ഈ രഹസ്യനയമാറ്റം ബിജെപിക്കും ഗുണം ചെയ്തു. കേരളത്തില് പാര്ട്ടി വളര്ത്താനുള്ള മികച്ച അവസരമായി ബിജെപിയും കണക്കാക്കി. പിണറായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന ആഭ്യന്തര വകുപ്പില് ബിജെപിക്ക് ശക്തമായ സ്വാധീനം ലഭിച്ചു. പൊലീസിലുണ്ടായ മാറ്റവും ബിജെപി-ആര്എസ്എസ് കേസുകള്ക്കെതിരെ പോലീസ് സ്വീകരിച്ച നിലപാടും വ്യക്തമായി പരിശോധിച്ചാല് ഈ അന്തര്ധാര മനസ്സിലാക്കാന് കഴിയും. രണ്ടാമതും പിണറായി സര്ക്കാര് അധികാരത്തില് വരേണ്ടത് ബിജെപിയുടെയും ആവശ്യമായി മാറി. കേരള ഭരണത്തില് മുസ്്ലിം പ്രാതിനിധ്യം കുറക്കുകയായിരുന്നു ബിജെപി ലക്ഷ്യമാക്കിയത്.